RegNetAgents:用于癌症基因组学中跨网络调控驱动因子识别的多智能体框架
RegNetAgents 是一个面向 AI 的多智能体框架,用于在异构基因调控网络中结构化且基于查询的调控候选因子识别。该系统整合了来自 TCGA 的癌症网络和 GREmLN 项目的单细胞调控网络,实现了肿瘤块体和单细胞 ARACNe 网络的统一分析。针对特定基因,框架执行双网络分类、OncoKB 注释的癌症基因筛选及肿瘤衍生调控关系的作用模式分配。候选因子根据跨网络证据一致性进行排序。系统以多智能体 LangGraph DAG 工作流形式实现,通过 Python API 和 Model Context Protocol (MCP) 客户端访问,作为预计算调控网络上的下游分析层,而非网络推断工具。在十一种乳腺癌和十二种结直肠癌焦点基因分析中,RegNetAgents 识别的候选调控因子显著富集 OncoKB 注释的癌症基因,验证了其信号特异性。扩展模块支持肿瘤潜力、药物可及性、临床相关性和网络脆弱性的结构化评估,助力从候选识别到生物学假设生成的端到端解释。
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